ニコニ・コモンズ事務局は、ニコニ・コモンズのサーバ管理その他の運営業務を行うための組織です。ニコニ・コモンズ事務局は、株式会社ニワンゴ内に設置されます。

ニコニ・コモンズ事務局は、ニコニ・コモンズ・サーバの管理および運営、ユーザーサポート、素材ライブラリー内の権利侵害等による削除申請への対応、その他ニコニ・コモンズの運営に関する業務を行います。

コモンズ素材ライブラリーにおける公序良俗違反作品は、ニコニ・コモンズ事務局の判断により削除を行います。
権利侵害作品については、正当な権利者からの申請に基づいて削除を行います。申し立てが真実である可能性が高いとニコニ・コモンズ事務局が判断した場合には、登録作品を一旦非公開の状態にしたうえで、作品登録者にその旨を通知します。一定期間内に、登録者から削除申請について有効な異議申し立てがなかった場合、その作品を完全に削除し、有効な異議申し立てがあった場合は、ニコニ・コモンズ事務局はその内容を確認し、最終的な措置を決定します。

ニコニ・コモンズ事務局は、ニコニ・コモンズにおける作品の登録および利用に関わる紛争に一切関与しません。また、ニコニ･コモンズ事務局は登録された作品の適法性・有益性などいかなる保証もしません。紛争が発生した際は、当事者間での解決をお願いします。